報關單復核最好設兩個復核崗位，第一個崗位復核完畢后，報關單流轉到報關經理或主管處，他們對報關單的申報是否正確負有最終的責任。大型企業或進出口公司每天上百份報關單，對于每一份報關單都從頭至尾看一遍顯然是不切實際。通常可以兩種方法加快復核速度，第一是抽查報關單內容，對每一份報關單中數量最大及最小的項目，對金額最大及最小的項目，重量最大及最小的項目進行抽查確認。這種抽查方法可以迅速確認報關單中是否有申報異常的項目。第二是邏輯檢查，對幣制為美元以外的外幣如日元，韓元等重點檢查幣制是否錯誤。對原產國進行檢查，看是否有不知名或很少見的國家名，檢查原產國是否正確。對運保費進行檢查，看是否和隨附單據的運保費一致。對包裝內容進行檢查，看是否有木質包裝未申報。最后對特殊關系申報和知識產權申報勾選項進行確認。
至于商品編碼和規范申報等重要內容，企業應事先建立數據庫，自動導入報關單內，無需再進出口前再檢查。另外對于舊機電進出口，涉及許可證的進出口，特殊的監管方式的報關單，由于報關員平時做此類單較少，容易出錯，報關經理和主管要重點確認這些報關單。
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