與在庫短少相反的就是在庫盈余了，【進口-出口*單耗-實際在庫】小于零有兩種情況。
第一種：保稅料件理論在庫【進口-出口*單耗】大于或等于零。
這種情況是正常的，起碼是看不出異常。保稅料件的在庫盈余只需向海關簡單說明是正常盤點誤差原因。需要繼續生產使用的，向海關申請將在庫盈余數量納入保稅監管，也就是增加保稅料件的理論在庫數量。不再繼續生產使用的，要向海關申請內銷補稅，然后才可以在國內銷售或廢棄。當然也可以申請剩余料件退運出境。
有企業根據保稅料件理論在庫數量，瞞報，少報剩余料件數量，使【進口-出口*單耗-實際在庫】等于零，順利完成手冊/賬冊報核后，再將剩余料件在國內銷售處理。這也是擅自處置保稅料件的行為，而且在稽查和核查時很容易被發現。
第二種，保稅料件理論在庫【進口-出口*單耗】小于零。
這種情況則有可能是異常的。企業如果有深加工結轉進口，在次月15日前完成手續之前，手冊理論在庫都是負數。同樣企業如果有集中申報進口，例如從綜合保稅區集中申報進口，在集中申報未完成之前，手冊的理論在庫也都是負數。排除了上述情況后仍然是負數的，則要確認單耗是否有錯誤，最后確認有無不同手冊之間，項目之間的串料，有無保稅和非保稅料件的串料?？偠灾?，找到負在庫產生的原因后，才能根據不同情況進行處置。首先看企業是否有時間，有能力將錯誤的在庫調整過來。如果無法調整，則要向海關報告，不然無法完成核銷。因為在庫為負數而被海關處罰的案例也有，但是不多，根據不同原因將負數清零后才可以處理料件盈余。同樣的也是重新納入保稅監管，或補稅，或退運。
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